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Introducción: Los directivos de las instituciones prestadoras de servicios de salud deben tomar decisiones oportunas y acertadas, e identificar de manera apropiada sus principales problemas, para proponer acciones de mejora de la gestión de sus instituciones.

Objetivo: Identificar los problemas en la gestión de los establecimientos de salud en el Perú desde la perspectiva de sus directivos de acuerdo con la encuesta ENSUSALUD 2016.

Métodos: Se realizó un análisis secundario descriptivo de la base de datos de la encuesta ENSUSALUD 2016. Se analizaron los datos correspondientes a personas que tenían un cargo directivo en las instituciones prestadoras de servicios de salud seleccionadas.

Resultados: Se entrevistaron 366 personas con un cargo directivo en 184 instituciones prestadoras de servicios de salud peruanas del sector público y privado y de diferentes niveles de atención, de 25 regiones. El 68,03 % de los entrevistados eran de sexo masculino y el 52,73 % eran médicos. La edad promedio fue de 48,62 (± 11,10) y con un promedio de 11,7 (± 10,45) años trabajando en el centro de salud y 4,60 (± 6,63) asumiendo un cargo directivo. Casi la mitad de los directivos (43,7 %) mencionaron que los principales problemas de gestión a nivel regional son el déficit de recursos humanos, el déficit presupuestal (38,2 %) y el déficit de especialistas (34,7 %).

Conclusiones: Los principales problemas identificados por los directivos de los establecimientos de salud son la escasez de recursos humanos, la falta de insumos y medicamentos, la deficiente infraestructura y el déficit presupuestal. Estos resultados aportan conocimiento útil para los gestores y decisores en salud que tienen la responsabilidad de tomar decisiones adecuadas y oportunas para mejorar la calidad de los servicios y la satisfacción del usuario.